第十四条排污单位必须按照规定缴纳污水排污费。
超过污染物排放标准的，必须缴纳超标准排污费。
第十五条市、区、县环境监测部门负责对排污单位的水污染物排放状况进行监督监测；排污单位不得拒绝监测，并为监测提供必要的现场条件。
第十六条环境保护行政主管部门或者有关的监督管理部门，有权对管辖范围内的排污单位进行现场检查，检查时应当持有市以上环境保护行政主管部门的检查证件。被检查的单位必须如实反映情况，提供必要的资料。检查人员有责任为被检查的单位保守技术秘密和业务秘密。
第三章 水体污染防治
第十七条各类水体的保护，应当根据使用功能，实行高功能高标准、低功能低标准保护的原则。
第十八条各类水体保护区的环境功能区划由南京市环境保护规划规定。
各类水体保护区的环境功能区划的调整，由环境保护行政主管部门会同有关部门提出方案，报同级人民政府批准。跨区、县行政区的，由市人民政府批准。
第十九条环境保护行政主管部门应当根据水体功能或者水质目标的要求，对排放污染物实行总量控制，对排污单位进行总量分配，并根据水污染和污染物排放现状，确定污染物削减量。
第二十条水污染物排放总量控制指标，可以在同一水体保护区内的排污单位之间互相调剂，并经当地环境保护行政主管部门批准后实施。
总量控制指标调剂办法，由市环境保护行政主管部门另行制定。
第二十一条禁止将有毒有害工业废渣和废液向地表水体排放、倾倒，或者直接埋入地下。
禁止在水体内清洗装贮过油类或有毒污染物的车辆和容器。
禁止在河道两侧水体保护区内新建、改建、扩建畜禽养殖场、垃圾堆放场和有毒有害化学物品仓库。
禁止向水体倾倒城市垃圾和其他生活废弃物。
第二十二条严禁在饮用水源保护区内进行一切可能污染水体的活动。运输有毒有害物质、油类、粪便的船舶和车辆，一般不得进入饮水源保护区。经批准进入的，必须采取有效防护措施，防止溢流和渗漏。
第二十三条禁止在饮用水源保护区内设置排污口。对已设置的排污口，在饮用水源一级保护区内的必须拆除；在二级保护区内的必须限期削减其污染物排放量，保证符合规定的水质标准。
第二十四条风景名胜区的水体保护管理，应当遵守以下规定：
(一)区内不得建设污染水环境的建筑和设施。已建成的，必须限期削减污染物排放量；严重污染环境的，必须限期治理或逐步迁出；
(二)建设项目的可行性研究报告必须包括对水环境的影响评价；
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